1- Copiar o certificado
Copie o arquivo .pfx da máquina local e cole em uma pasta do servidor.
2- Abrir o arquivo para instalação
Dentro do servidor, dê duplo clique no arquivo do certificado.
3- Escolher Local do Repositório
Selecione "Usuário atual" e clique em avançar duas vezes.

3- Digitar a senha
Informe a senha do certificado A1.
4- Marcar como exportável
Marque a chave como exportável antes de concluir e depois avance.

Após isso já consegue utilizar o seu certificado dentro do servidor!